Институт является структурным звеном Российской академии наук, расположенным в Республике Дагестан. Управление Институтом в рамках делегированных Президиумом РАН полномочий осуществляет Учреждение Российской академии наук Дагестанский научный центр РАН. Научно-методическое руководство Институтом осуществляет Отделение физических наук РАН.